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Des Pygmées figurent au nombre des victimes des horribles massacres rapportés dans le Nord-est de la République démocratique du Congo (RDC).
Une mission d'enquête des Nations Unies a entendu des victimes raconter comment les milices anti-gouvernementales, appartenant au mouvement de libération congolais et au congrès national congolais pour la démocratie, commettaient des exactions parmi lesquelles torture, mutilations, viols de femmes et d'enfants, exécutions sommaires et enlèvements. Ces atrocités auraient été commises dans les provinces d'Ituri et du Nord Kivu, dans le cadre de l'opération dite passer l'éponge'.
De nombreuses victimes sont des Pygmées mbuti, le peuple le plus vulnérable de la région. Il semble que les milices forcent les Mbuti à collaborer avec eux ou les accusent de collaborer avec l'ennemi, les punissant de torture et d'exécutions. Parmi les 180 000 réfugiés comptabilisés, 3 000 Pygmées auraient fui les zones de combat. Ces groupes sont particulièrement vulnérables : considérés comme le peuple le plus marginalisé et persécuté de la société congolaise, le calvaire des Pygmées n'attire que rarement l'attention.
